Основным недостатком пуповинной крови является тот факт, что собрать ее можно только один раз в жизни, при рождении.

По сравнению с клетками костного мозга стволовые клетки пуповинной крови более толерантны, и в некоторых случаях на процесс восстановления иммунитета может уйти больше времени, чем при пересадке костного мозга. В то же время при введении пуповинной крови другим членам семьи, риск отторжения ниже, чем при применении костного мозга, в этом большое преимущество пуповинной крови.